航运公司在日本地震与海啸后，已经停止或取消三个地方港口的航线或船舶挂靠，其中一个原因是地方停电限制，影响码头运作。

受影响的港口有：仙台、小名滨、八户港，原因是这些港口设施受不同程度损毁。马士基航运公司发言人玛丽安在接受访问时表示，马士基不接受客户对上述港口的订货运输，直至有更多详细信息为止。她还说，“东京区的港口：横滨、名古屋、神户、大阪、博德港仍然保持运作，船公司接受预订往来装货运输。”

东京地区6个港口11日地震时一度关闭。东方海外表示，东京横滨港一度因地震和海啸出口货量大降。东方海外还宣布联盟成员日本邮船在仙台港运输，因受到不可抗力影响货运，以致影响到部分船只的分配安排，并表示要由客户安排东京港货物。此外，马士基航运发言人还称，东京、横滨每日要停电1至3小时，扰乱码头的正常装卸作业。