商务部亚洲司中日经贸问题专家组成员周世俭3月14日表示，为保日本总部，预计日本对华直接投资会有所下降，受影响最为明显的将是日本在华投资的加工贸易企业，这部分企业作为日资跨国公司产业分工链条上的一个环节，其原料或关键零部件采购依赖于日本本土。

这种负面影响估计不会即时呈现。商务部国际贸易经济合作研究院亚非发展研究所副所长王泺分析，考虑到贸易的周期，地震对中日贸易的影响预计要3个月左右才会反映在中国的进出口数据上。

商务部部长陈德铭也在全国两会间隙对媒体表示，日本地震对中日贸易影响应该不太大，“任何影响都是暂时的。”